隨著對咖啡各種成分和作用的研究不斷取得進展，證明喝咖啡有益的點正一個個浮現出來。咖啡對一部分癌症和糖尿病的預防效果已經基本得到確認，與其他疾病的關係，相關調查也在推進中。「證明咖啡對身體有益的研究報告近年來陸續出現」。UCC上島咖啡R＆D中心負責調查咖啡在生物體內功能的岩井和也這樣說。
在1980年代之前，人們認為「燒焦的物質可能具有致癌性」，因此很多報告稱咖啡對人體有害。而自上世紀90年代以後，隨著精度更高研究的進行，人們的看法出現了明顯改變。
比如，咖啡可以抑制癌症。雖然並非對所有癌症都有效，但研究結果表明，與完全不喝咖啡的人相比，每天喝咖啡的人更不易患肝癌、大腸癌和頭頸部癌症等。
日本國立癌症研究中心實施的肝癌調查顯示，每天喝1～2杯咖啡的人的發病風險僅為完全不喝咖啡的人的二分之一，而每天喝5杯以上的人的風險則降至四分之一。
咖啡中含有數百種化合物，其中包括具有提神功能的咖啡因，以及具有抗氧化作用的多酚類物質「綠原酸」等。咖啡因具有保護細胞的作用，這在最近開始得到關注。與綠原酸一樣，咖啡因被認為具有抑制正常細胞癌變的作用。另一方面，咖啡與動脈硬化、血栓、腦中風等循環系統疾病之間的關係至今尚無明確定論。
那麼，過量飲用咖啡是否會對身體造成損害呢？經常被指出的是，攝入過多咖啡因將造成神經興奮。根據個人體質差異，如果每天攝入超過0.5-1克的咖啡因，就可能加重心臟及血管的負擔。此外，也有研究認為，孕婦大量喝咖啡會增加流產的風險。根據咖啡種類的不同，一杯咖啡中約含有0.1克左右的咖啡因，也就是說，每天喝咖啡最多不能超過5到10杯。另外，咖啡具有促進胃酸分泌的功能。因胃酸過多而正在服藥治療的人，應當避免咖啡。
咖啡的香氣也具有鎮靜效果。小久保主任醫師補充說，希望人們不要懷著把咖啡當作藥物的心情飲用，而是「把咖啡當作一種享受」。
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